* -djelatnosti epidemiologije zaraznih bolesti te kroničnih nezaraznih bolesti, javnog zdravstva, promicanja zdravlja, zdravstvene ekologije, mikrobiologije, školske i adolescentne medicine, medicine rada i sporta, zaštite mentalnog zdravlja i prevencije ovisnosti i obvezatne dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije
u sklopu djelatnosti Zavod obavlja sljedeće poslove:
* -zdravstveno prosvjećivanje s promicanjem zdravlja i prevencijom bolesti,
* -provodi specifičnu preventivnu zdravstvenu zaštitu djece i mladeži, osobito u osnovnim i srednjim školama te visokim učilištima na području Županije,
* -prati, proučava, evaluira i izvješćuje o zdravstvenim potrebama i funkcionalnoj onesposobljenosti starijih ljudi te predlaže zdravstvene mjere za područje Varaždinske županije,
* -prikuplja, kontrolira i analizira statistička izvješća iz područja zdravstva uključujući bolesti ovisnosti, na razini Varaždinske županije, za potrebe Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo,
* -na zahtjev župana, prati i ocjenjuje zdravstveno stanje stanovništva na području Varaždinske županije,
* -kontinuirano provodi mjere higijensko - epidemiološke zaštite s epidemiološkom analizom stanja na području Varaždinske županije i po potrebi provodi protuepidemijske mjere te nadzire provođenje obveznih imunizacija,
* -analizira epidemiološko stanje, planira, predlaže i sudjeluje u provođenju mjera i aktivnosti za sprječavanje, rano otkrivanje i suzbijanje bolesti ovisnosti,
* -provodi zaštitu mentalnog zdravlja i izvanbolničko liječenje ovisnosti, što obuhvaća prevenciju i rano otkrivanje svih psihičkih poremećaja, dijagnostiku, liječenje i rehabilitaciju svi oblika ovisnosti kao i mjere očuvanja mentalnog zdravlja u zajednici,
* -surađuje sa zdravstvenim i drugim ustanovama i zdravstvenim radnicima u provedbi dijagnostike i liječenja bolesti ovisnosti, te rehabilitacije i društvene integracije ovisnika,
* -prati provedbu mjera dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije, te provodi preventivne i protuepidemijske postupke dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije
* -obavlja mikrobiološku djelatnost od interesa za Varaždinsku županiju,
* -prati, proučava, analizira i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost vode za ljudsku potrošnju, vode za rekreaciju i fizikalnu terapiju, površinske i otpadne vode, stanje vodoopskrbe te zdravstvenu ispravnost namirnica i predmeta opće uporabe
* -sudjeluje u izradi i provedbi pojedinih programa zdravstvene zaštite u izvanrednim prilikama,
* -prati, analizira i ocjenjuje utjecaj okoliša (zraka, tla, buke) i hrane na zdravstveno stanje stanovništva Varaždinske županije,
* -sudjeluje u planiranju, predlaganju i provođenju mjera promicanja tjelesnog, mentalnog i spolnog/reproduktivnog zdravlja,
* -sudjeluje u planiranju, predlaganju i provođenju mjera za sprječavanje, rano otkrivanje i suzbijanje kroničnih nezaraznih bolesti uključujući i bolesti ovisnosti,
* -obavlja raspodjelu obveznih cjepiva ordinacijama na primarnoj razini zdravstvene djelatnosti na području Varaždinske županije,
* -obavlja stručne poslove zaštite okoliša sukladno posebnim propisima vezano uz zaštitu okoliša i zaštitu zraka,
* -sudjeluje u obrazovanju zdravstvenih radnika, provodi stručna i znanstvena istraživanja iz područja javnog zdravstva,
* -obavlja i ostale poslove za potrebe javnozdravstvene djelatnosti sukladno posebnim propisima
ili 
